Cách xử lý mất hóa đơn GTGT đầu ra: Liên 1 hoặc Liên 3
Hướng dẫn cách xử lý khi bị mất hóa đơn đầu ra Liên 1 và liên 3. Mức xử phạt vi phạm khi mất hóa đơn đầu ra liên 1 (lưu), và liên 3 (nội bộ). 
I. Cách xử lý khi bị mất hóa đơn liên 1 hoặc liên 3:
Khi doanh nghiệp phát hiện ra bị mất, cháy, hỏng hóa đơn đầu ra: Liên 1 hoặc liên 3... thì phải tiến hành làm thủ tục thông báo với cơ quan thuế theo hướng dẫn tại khoản 1 Điều 24 Thông tư số 39/2014/TT-BTC ngày 31/03/2014 của Bộ Tài chính hướng dẫn về hóa đơn quy định như sau:

“Tổ chức, hộ, cá nhân kinh doanh nếu phát hiện mất, cháy, hỏng hóa đơn đã lập hoặc chưa lập phải lập báo cáo về việc mất, cháy, hỏng và thông báo với cơ quan thuế quản lý trực tiếp (mẫu số 3.8 Phụ lục 3 ban hành kèm theo Thông tư 39) chậm nhất không quá năm (05) ngày kể từ ngày xảy ra việc mất, cháy, hỏng hóa đơn. Trường hợp ngày cuối cùng (ngày thứ 05) trùng với ngày nghỉ theo quy định của pháp luật thì ngày cuối cùng của thời hạn được tính là ngày tiếp theo của ngày nghỉ đó.”

Vậy là: Cứ bị mất hóa đơn thì doanh nghiệp phải làm báo cáo mất gửi cơ quan thuế không phân biệt hóa đơn đó đã được lập (sử dụng) hay chưa, đều phải phải thông báo.
Mẫu báo cáo mất cháy hỏng hóa đơn này là mẫu BC21/AC - Trên phần mềm HTKK có trong mục "Hóa Đơn" các bạn làm trực tiếp trên phần mềm HTKK rồi gửi qua mạng.
Mẫu tham khảo:
Mất hóa đơn liên 1 liên 3
Các bạn cần làm báo cáo mất hóa đơn trong vòng 5 ngày kể từ mất trên PM HTKK -> rồi gửi qua mạng -> chờ đến khi có thông báo, quyết định xử phạt vi phạm hành chính thì các bạn nộp phạt (Thời hiệu xử phạt về hóa đơn là 1 năm).
Nếu các bạn làm báo cáo mất hóa đơn sau thời hạn trên (quá 5 ngày) thì sẽ bị xử phạt vi phạm theo điều 13 của Thông tư số 10/2014/TT-BTC ngày 17 tháng 1 năm 2014 của Bộ Tài chính hướng dẫn xử phạt vi phạm hành chính về hóa đơn và được sửa đổi bởi Khoản 7 Điều 1 Thông tư 176/2016/TT-BTC như sau:

+ Phạt cảnh cáo đối với hành vi nộp thông báo, báo cáo gửi cơ quan thuế, trừ thông báo phát hành hoá đơn từ ngày thứ 1 đến hết ngày thứ 10 kể từ ngày hết thời hạn theo quy định. 
+ Phạt tiền từ 2.000.000 đồng đến 4.000.000 đồng, trừ thông báo phát hành hóa đơn, chậm sau 10 ngày kể từ ngày hết thời hạn theo quy định
+ Phạt tiền từ 4.000.000 đồng đến 8.000.000 đồng với hành vi không nộp thông báo, báo cáo gửi cơ quan thuế. Hành vi không nộp thông báo, báo cáo gửi cơ quan thuế, trừ thông báo phát hành hóa đơn, được tính sau 20 ngày kể từ ngày hết thời hạn theo quy định.

II. Mức xử phạt vi phạm khi mất hóa đơn đầu ra liên 1 (lưu), và liên 3 (nội bộ). 
1. Trường hợp mất liên 1, liên 3 chưa lập hoặc đã lập nhưng chưa đến thời hạn lưu trữ: 

Phạt tiền từ 4.000.000 đồng đến 8.000.000 đồng 
(Theo Khoản 4 Điều 1 Thông tư 176/2016/TT-BTC
Sửa đổi, bổ sung điểm g vào Khoản 3 Điều 11 của Thông tư số 10/2014/TT-BTC)
2. Trường hợp mất liên 1, liên 3 đã lập trong thời gian lưu trữ
Xử phạt theo quy định của Luật kế toán, được quy định tại điểm b Khoản 2 Điều 15 Nghị định số 41/2018/NĐ-CP ngày 12/3/2018 của Chính phủ quy định xử phạt vi phạm hành chính trong lĩnh vực kế toán, kiểm toán độc lập quy định tại điểm b, khoản 2, điều 15 của Nghị định 41/2018/NĐ-CP

Trong đó:
Điều 15. Xử phạt hành vi vi phạm quy định về bảo quản, lưu trữ tài liệu kế toán
2. Phạt tiền từ 5.000.000 đồng đến 10.000.000 đồng đối với một trong các hành vi sau:
b) Bảo quản tài liệu kế toán không an toàn, để hư hỏng, mất mát tài liệu trong thời hạn lưu trữ;
Nhưng Mức phạt trên là dành cho cá nhân, còn mức phạt cho doanh nghiệp phải nhân đôi thành:
Phạt tiền từ 10.000.000 đồng đến 20.000.000

Vì theo khoản 2 điều 6 của Nghị định 41/2018/NĐ-CP thì:

Điều 6. Mức phạt tiền trong lĩnh vực kế toán, kiểm toán độc lập:
2. Mức phạt tiền quy định tại Chương II Nghị định này là mức phạt tiền áp dụng đối với tổ chức trừ trường hợp quy định tại khoản 1 Điều 7; 8; 9; 10; 11; 13; 14; 15; 16; 17; Điều 19; khoản 1, 3 Điều 21; 22; Điều 23; 24; 26; 33; 34; khoản 1, khoản 3 Điều 36; khoản 1 Điều 38; khoản 2, khoản 3 Điều 39; khoản 1, khoản 2 Điều 48; khoản 1 Điều 57; khoản 1, khoản 2 Điều 61, Điều 67 là mức phạt tiền đối với cá nhân. Đối với tổ chức có cùng hành vi vi phạm thì mức phạt tiền gấp 02 lần mức phạt tiền đối với cá nhân.

Công Ty Đào Tạo Kế Toán PPI VIỆT NAM xin được đưa ra một vài lưu ý mà các bạn cần biết về việc xử phạt vi phạm hóa đơn:
- Trường hợp người bán tìm lại được hoá đơn đã mất (liên giao cho khách hàng) khi cơ quan thuế chưa ban hành quyết định xử phạt thì người bán không bị phạt tiền.
- Trường hợp người bán làm mất, cháy, hỏng các liên hoá đơn đã lập sai và đã xoá bỏ (người bán đã lập hoá đơn khác thay thế cho các hoá đơn đã lập sai và đã xoá bỏ) thì người bán bị phạt cảnh cáo.
- Trường hợp trong cùng một thời điểm, tổ chức, cá nhân thông báo mất nhiều số hoá đơn cho cơ quan thuế nhưng cơ quan thuế đủ căn cứ xác định tổ chức, cá nhân gộp nhiều lần mất hoá đơn để báo cáo cơ quan thuế thì xử phạt theo từng lần mất hoá đơn.